みさとさん，ようこそお越しくださいました。
　どうぞ宜しくお願いします。

　管理者のRisingsunと申します。
　
　特別条項付き36協定をよくご存じで。私は最近まで知りませんでした。

　実際のところ，あまりこれを運用することは一般的には勧められないですね。
　これを導入するには，労働者一人一人を徹底的に労働時間管理が求められます。その管理能力がある事業場はあまりないのではと思われます。
　万が一の話ですが，この協定の限度すら超えてしまって（故意ではなくたまたま超えてたとしても）過重労働死などが発生すると，事業主に多額の損害賠償請求が発生する可能性があります。

　どうしても時季的に45時間では済まない，恒常的なものではないという前提での協定です。
　
　厚生労働大臣の定める基準を超える３６協定も当然に有効でありますが，指導・助言の対象となる。
　いずれにしても，時間外労働が恒常的に多いところは何らかの改善を図る方向で検討すべきなのかもしれません。　
　社労士としてそれにどれだけ関われるのか，というところが第1段階として課題ではないでしょうか。