自衛隊体育学校の組織は学校長、副校長以下、企画室、総務課、渉外広報室、第1教育課【一般体育課程教育】、第2教育課【特別体育課程教育】、スポーツ科学科【測定分析、研究など】、管理科からなる。朝霞駐屯地の同校は、93年に新築の庁舎のほか、陸上競技用グランド、屋内プール、各種射撃場、近代5種の馬術コースなど、充実した施設を備えている。