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シムダンス「四次元能」

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  • from: 生成門さん

    2012年11月24日 10時18分49秒

    icon

    転写の三角錐(4)述語過程を見る

    転写の三角錐(4)述語過程を見る
    <四次元能版EVA:モナドックスロジー:PS三角錐の応用>

    転写の三角錐(3)主役はRNAポリメラーゼ
    http://www.beach.jp/circleboard/ad00178/topic/1100200053742
    の続きです。

    転写の主役はRNAポリメラーゼのようですが、その転写の述語過程を図にしてみましょう。

    先ず、どこからかRNAポリメラーゼが突然現れます。

    ~~~~~~~~~~~~~~~~↓(突然現れるイメージ)
    2重螺旋DNA:∞∞∞∞∞∞

    そこで、2重螺旋にポリメラーゼが入ります。そのイメージはこんな感じですね。

    ・・↓(ポリメラーゼが入る)
    ∞>∞∞∞∞∞

    ここまでを三角錐で表現すると

    RNAポリメラーゼ:DNA→ポリメラーゼが入ったDNA

    となります。次に2重螺旋が解けますが、>は起点を表現します。

    >5'・・・→・・・・・・・・・・・3'
    >3'・・・→・・・・・・・・・・・5'

    →は解ける方向です。当然転写される方向でもあります。転写されると同時にDNAは元に戻ります。

    RNA:5'・・・・・3'
    DNA:∞∞∞∞∞∞

    ここまでを三角錐で表現すると

    RNAポリメラーゼ:ポリメラーゼが入ったDNA→ほどけたDNA

    RNAポリメラーゼ:上のDNA(5'3')→RNA

    DNA:ほどけたDNA→二重螺旋のDNA

    となります。

    何度も言うように、ミクロの過程であろうともそこには述語過程(記号過程)があり、すべて三角錐の構成となっています。三角錐の構成とは主体(MP)がいて index,symbol,initialの三項があるということです。主体(MP)がいるということは、そこにはbodylineがあって、いつでも時 間が発生するということです。

    問題は三角錐の構成の直交性があるかないかで、その仕組みの振る舞いはかなり変わってくると言うことです ど。RNAポリメラーゼに関して言うとその働きはかなり限定されておりますので、直交性は低いでしょう。専門性が高いということですね。ただ、DNAポリ メラーゼ(分身フォーク)でも見たようにDNAの二重螺旋を「ほどく」述語と見ると汎用性が、つまり、直交性が高いととも言えますね。

    分身の術の三角錐(4)酵素の謎
    http://www.beach.jp/circleboard/ad00178/topic/1100200052927

    直交性が「高い・低い」の評価についてはもう少し、探求する必要がありそうです。

    次 は、どこからかRNAポリメラーゼが「突然現れる」として留保したままの5W1Hです。「突然現れる」のはUFOのようなトンネル現象(虚→実) ですが、なんでもトンネルにしてしまうならSF(フィクション)と同じになってしまいます。四次元能はSF(ファンタジー)ですので、もう少し頑張ってみ ましょう。

    それにしてもDNA上で転写が始まる場所は、どうやって認識するのでしょうね。それに、いつどこで転写するのかをどうやって認識するのでしょうね。

    続く

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