名古屋圏では大府で武豊線が立体交差で分離し名古屋直通の快速がありますが、直通用の車両は幹線用のキハ75系です。もし、加古川線の列車を山陽線へ直通させたいならば221系の二両編成で山陽区間は併結の形になるでしょう。
尤も加古川始終の電車があるので分割して加古川線へ乗り入れは出来るようになったかもしれませんが…そこまでを考えて高架を作るとは思えません。