こんばんは、MP5さん(^_^)。

＞警察関連の法律で、どれを改正すればSAT・SPを警察庁直轄にできますか？

警察法ですね。
日本の警察組織はこの法律に基づいて設置されています。
政府が改正法案を提出し、国会で審議して可決されれば改正は可能です。
ただし新しい組織を設立するのであれば、予算の問題などもありますから、改正は容易ではないでしょう。

＞SATを警察庁直轄にすれば、RATSなどの都道府県警の警備部突入部隊はどうなりますか？

そうですね。あくまで仮定の話になってしまいますが、SATが国家警察の所属になるとすれば、それまで準特殊部隊とされていた銃器対策部隊やRATSなどが、都道府県警察の最精鋭対テロ部隊になると思います。
ですから、特に最大の自治体警察である警視庁は「SATを取り上げられる」事にかなり反対するのではないかと思います。
SATの件に限らず国家警察を創設するとなると、様々な団体、組織から反対意見も出るでしょう。国民が充分な議論を行った上で、法律を改正していく必要があると思います。