こんばんは。

＞訓練シーンを見ているとSATは射殺を前提に作戦を行っているような気がするんですが？
治安系特殊部隊は射殺は奥の手のはずです。SSTもSATと同様に射殺前提の作戦行動をとるんですか？

その「奥の手」を実行するのが、警察のSATと海上保安庁のSSTです。
警察では一般的な刑事事件で、犯人の逮捕が可能であれば、刑事部の突入班などが突入します。
SATの場合は「人質救出のためには、犯人の射殺もやむを得ない」という本部長や警視総監の決断に基づいて行動します。
ただし警察官や海上保安官が犯人を射殺することは、戦争で兵士が敵を殲滅する事とは異なり、犯人が死亡した事件として扱われます。
ですから実際に突入して犯人を撃った、あるいは狙撃をした隊員は、犯人の射殺が本当にやむを得ないものであり、法律に基づいて行われた事を報告書などで証明しなければなりません。
また、事件の関連書類は検察庁に送致します。

海上保安庁には、警察のように刑事部の突入班はありませんから、SSTは麻薬密輸船や密漁船の摘発の際は、犯人の逮捕を前提とした行動を取るのでしょう。
ですが、相手が銃器で武装したテロリストであり、船内に人質がいる場合、SSTは人質救出のため「犯人の射殺もやむなし」という方針で行動するのだと思います。
海上保安庁の場合、最終的にその方針を決断するのは、事件発生地域を管轄する管区本部長かも知れません。