こんにちは。

＞海上保安庁特警隊のほうが銃器対策部隊より射撃や格闘技術といった練度は上でしょうか？

特別警備隊と機動隊の銃器対策部隊は、海上と陸上という活動地域の違いはありますが、要求される射撃技術や逮捕術の技量、基礎体力などが大きく異なるということは無いと思います。

勤務環境について比較すれば、特別警備隊は普段、巡視船の船員として活動し、定期的に訓練を実施している「パートタイム（兼務）部隊」です。
一方、警察の機動隊は、種別によって勤務環境は違いますが、基本的には暴動鎮圧、テロ対策、災害対策、雑踏警備などを専門とする「フルタイム（専従）部隊」です。
機動隊は出動の時以外の勤務時間を全て訓練に充てられるため、訓練時間で特別警備隊との練度の差はある程度存在すると思います。

ただし、海上保安官の中にも自衛隊出身者がいるでしょうし、そういった方が特別警備隊に配属されれば、警察の銃器対策部隊の隊員より射撃能力や身体能力が上回る、という事はあり得ると思います。
また、SSTの除隊者が特別警備隊に所属し、一般隊員の指導を担当している可能性もあるため、そのような「指導者クラス」の隊員であれば、やはり銃器対策部隊の隊員より射撃能力や身体能力が上回る、という事はあり得ると思います。
ですから、どちらが上という事は一概には言えず、隊員個人による、という結論になります。